ReMeDy:一个灵活的统计框架,用于基于区域的检测DNA甲基化失调

科学领域:

• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 基因组学就是基因组学.
• 统计生物信息学是统计的.

背景情况:

• 基于区域的全表观基因组关联研究 (eGWAS) 与对DNA甲基化数据的探针分析相比,具有优势.
• 目前基于区域的方法主要关注平均甲基化变化,忽视甲基化变异性的变化.

研究的目的:

• 开发一个统计框架,共同建模区域内的DNA甲基化平均值和差异变化.
• 为了确定差异甲基化区域 (DMRs),可变甲基化区域 (VMRs) 和具有联合差异和可变甲基化的区域.

主要方法:

• 提出了ReMeDy,一个灵活的框架,在通用线性模型中使用层次概率方法.
• 直接对生物定义的共甲基化区域进行操作,以捕捉空间相关性.
• 避免启发式调整参数,减少主观性.

主要成果:

• 在模拟中,ReMeDy保持虚假发现和I型错误率在名义水平.
• 与现有模型相比,在各种现实的场景中始终实现更高的统计能力.
• 从人口层面的数据中识别出涉及复杂人类疾病的生物意义区域和途径.

结论:

• ReMeDy提供了一种可靠的方法,以分析基于区域的方式分析DNA甲基化变异性和平均变化.
• 为eGWAS提供了更好的生物解释性和统计能力.
• 识别了与疾病相关的新型表观遗传标记,这些标记在传统的基于平均值的分析中错过了.