在HEK293T细胞中转录组节律性的时间动态和功能注释
Yuling Sun1, Huiyu Dong2, Fei Ge3
1Jiangsu Province Engineering Research Center of Development and Translation of Key Technologies for Chronic Disease Prevention and Control, Suzhou Vocational Health College, Suzhou, China.
人类的昼夜时钟影响细胞过程,但HEK293T细胞转录组节奏尚不清楚. 这项研究揭示了HEK293T细胞中有限的昼夜转录组节律性,大多数基因表现出时间独立的表达.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 时间生物学 时间生物学
背景情况:
- 内生生日间钟调节了人类的节律性细胞过程.
- 在HEK293T细胞中转录组的时间组织尚未完全理解.
研究的目的:
- 在48小时周期内映射同步HEK293T细胞的转录组动态.
- 在HEK293T细胞中识别节奏和时间依赖的基因表达模式.
主要方法:
- 在48小时内,HEK293T细胞在13个时间点同步并接受RNA测序.
- 主要成分分析和变异系数分析被用于评估转录组动态和复制变异性.
- 全基因组分析确定了节律和不节律的基因表达模式.
主要成果:
- 全球转录组显示时间依赖的分离,但复制分歧在28小时后增加.
- 只有785个基因表现出昼夜节律性,丰富于特定的细胞区和分子功能.
- 645个失律基因表现出时间依赖的表达,富含Gα信号传递和染色体结构等途径.
结论:
- HEK293T细胞表现出较弱的内在昼夜转录组节律性.
- 在48小时窗口内,HEK293T细胞中的大多数转录仍然独立于时间.
- 这一数据集为区分HEK293T细胞的时间依赖和时间独立基因调节提供了参考.
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