不平等和SARS-CoV-2基因组数据的全球下降阻碍了对新兴变异的反应
Emily A Smith1, Derek F Fleming2, Eve M Lackritz2
1Center for Infectious Disease Research and Policy, University of Minnesota, Minneapolis, MN, USA. smit8380@umn.edu.
对SARS-CoV-2的基因组监测显示了持续的全球数据不平等以及提交的数据大幅下降,影响了新变种的检测. 对基因组流行病学进行长期投资对于全球病毒监测至关重要.
科学领域:
- 公共卫生 公共卫生
- 基因组流行病学 基因组流行病学
- 传染病监测 传染病监测 传染病
背景情况:
- 基因组流行病学彻底改变了传染病监测,特别是针对SARS-CoV-2.
- 早期的COVID-19大流行数据显示,在全基因组序列可用性方面存在重大全球不平等.
- 这些差异的持续性和公共卫生紧急情况后基因组监测的下降仍然没有得到量化.
研究的目的:
- 通过国家收入分类量化SARS-CoV-2序列数据可用性的差异.
- 为了测量COVID-19公共卫生紧急情况后基因组监测的下降.
- 评估这些趋势对新病毒变异的检测和表征的影响.
主要方法:
- 从2020年到2025年在GISAID平台上提交的SARS-CoV-2序列的分析.
- 数据按国家分层和世界银行收入分类.
- 随着时间的推移量化序列提交趋势.
主要成果:
- 在收入分类中观察到SARS-CoV-2序列提交的显著差异,阻碍了全球监测.
- 基因组监测能力已经大幅下降,即使在高收入国家,从流行病峰值.
- 在高收入国家,序列提交数量从5.77亿下降到不到5000万,这凸显了监测能力的丧失.
结论:
- 基因组数据共享的持续不平等威胁到全球传染病监测.
- 在SARS-CoV-2基因组监测的下降降低了检测和表征新兴病毒威胁的能力.
- 持续投资基因组监测计划和数据共享激励措施对于全球公共卫生安全至关重要.
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