针对SARS-CoV-2的创新疗法:设计,对接和功能分析

科学领域:

• 计算机化药物发现.
• 结构生物学是结构生物学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 新出现的严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 变种需要快速开发新疗法.
• 基于的药物具有高特异性和低毒性,非常适合向保存的病毒蛋白.

研究的目的:

• 设计和评估针对关键SARS-CoV-2蛋白质的新型类药物:Spike (S),依赖RNA的RNA聚合酶 (RdRp) 和核体 (N).
• 利用综合计算方法,结合结构生物学,分子对接和分子动力学 (MD) 模拟.

主要方法:

• 从DRAVP数据库和文献中准备抗SARS-CoV-2的数据集.
• 使用AVPPred和类信息对类似的选和设计.
• 通过nCoVDock2服务器和100 ns明确溶剂MD模拟对顶级复合体进行分子对接.

主要成果:

• 设计的W显示出S蛋白的优异抑制 (-303.41 a.u.) 与EK1类相比,它具有较高的度.
• 甲5证明有效地抑制RdRp蛋白 (-187.36 a.u.) 与类相比,类 5.
• 甲7表现出强烈的N蛋白抑制 (-317.69 a.u. ),表现优于快乐素. MD模拟证实了W和A5复合物的稳定性.

结论:

• 由生物信息学驱动的工程的设计为SARS-CoV-2基于的疗法提供了一个有希望的策略.
• 这种方法有可能开发针对其他病毒性疾病的治疗方法.
• 计算结果为未来的体外和体内验证研究提供了基础.