病毒基因组组合,分类学注释和交互网络可视化的元基因组 Hi-C 协议
Yuxuan Du1,2, Yuqiu Wang3,2, Fengzhu Sun3
1Department of Electrical Engineering, The University of Texas at San Antonio, San Antonio, Texas.
本研究提供了一个全面的生物信息工作流程,用于元基因组 Hi-C (metaHi-C) 数据分析. 它可以重建病毒和宿主基因组,并可视化它们在微生物群落中的相互作用.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 甲基因组Hi-C (metaHi-C) 对于将移动遗传元素与微生物群落中的宿主联系起来至关重要.
- 在图书馆后的时代,生物信息学面临的挑战是预处理,基因组组分,分类注释和网络解释.
研究的目的:
- 提出一个标准化的metaHi-C协议,从原始读取到下游数据分析.
- 为重建病毒和宿主基因组及其相互作用提供可复制的工作流.
主要方法:
- 猎枪和Hi-C读数的质量控制,元基因组组装和Hi-C读数映射.
- 病毒基因组恢复 (vMAGs) 和病毒与宿主链接推断使用ViralCC.
- 用ImputeCC进行宿主基因组组合,使用GTDB-Tk和Virgo进行分类学注释,并使用MetaHiCNet.Net进行网络可视化.
主要成果:
- 详细的预处理,组装和绘制元基因组 Hi-C 数据的详细协议.
- 病毒转基因组组装基因组 (vMAGs) 的成功恢复和病毒与宿主相互作用的推断.
- 交叉分类和交叉箱 Hi-C 交互网络的生成,以可视化微生物社区结构.
结论:
- 提出的metaHi-C协议为微生物组研究提供了可重复的端到端工作流.
- 能够准确地重建病毒和宿主基因组以及一致的分类学分配.
- 便于可视化各种微生物群中的病毒与宿主相互作用结构.
更多相关视频
09:06High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq
Published on: October 5, 2018
10:18Amplification of Near Full-length HIV-1 Proviruses for Next-Generation Sequencing
Published on: October 16, 2018
相关概念视频
Applications of Molecular Taxonomy
Modern Molecular Taxonomy
Evolutionary Relationships through Genome Comparisons
Genome Annotation and Assembly
Size and Structure of Viral Genomes
Comparing Mitochondrial, Chloroplast, and Prokaryotic Genomes
