rMAP 2.0:一种模块化,可复制和可扩展的WDL-Cromwell-Docker工作流程,用于ESKAPEE病原体的基因组分析
Gerald Mboowa1,2, Ivan Sserwadda1,2, Stephen Kanyerezi1,2
1The African Centre of Excellence in Bioinformatics and Data-Intensive Sciences, P.O Box 7062, Kampala, Uganda.
Bioinformatics advances
|March 5, 2026
概括
rMAP 2.0提供便携式全基因组分析,用于ESKAPEE病原体的抗菌耐药性监测. 这种容器化工作流在笔记本电脑和服务器上运行,确保公共卫生实验室的可重复结果.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 公共卫生 微生物学
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 对抗生素耐药性 (AMR) 的监测对公共卫生至关重要.
- 逃生病原体 (菌,黄金葡萄球菌,肺炎菌,宝曼菌,菌,菌,大肠杆菌) 是AMR监测的关键目标.
- 现有的全基因组分析工具往往缺乏可移植性,并可能面临依赖问题,阻碍公共卫生实验室的采用,特别是那些数据主权限制的实验室.
研究的目的:
- 开发一种可复制和可移植的全基因组分析工作流程,用于抗菌耐药性监测.
- 满足公共卫生实验室的需求,包括那些在数据主权限制下运作的实验室.
- 为细菌全基因组分析提供标准化,端到端的解决方案.
主要方法:
- 使用Cromwell用于管道执行的容器化 (Docker) 和工作流描述语言 (WDL).
- 实现了一个标准化的工作流程,用于读取质量控制,修剪,组装,注释,抗性/病毒性/移动元素概况,序列类型,泛基因组推断和家族遗传重建.
- 启用完全离线执行数据主权部署和与本地工作站,机构服务器和云后台兼容的完全离线执行.
主要成果:
- rMAP 2.0成功地标准化了端到端的细菌全基因组分析.
- 工作流生成一个单独的交互式HTML报告,以便快速查看对齐的输出.
- 一个基准证明了rMAP 2.0的效率,在笔记本电脑上在4.5小时内完成队列运行,并确定了一个错误注释的公共记录 (SRR9703249).
结论:
- rMAP 2.0为ESKAPEE病原体的全基因组分析提供了一种可复制,便携和标准化的解决方案.
- 集装箱式方法确保了一致的执行环境,不需要本地工具安装,支持各种实验室基础设施.
- rMAP 2.0为公共卫生应用提供了有效的抗菌耐药性监测和基因组流行病学.
