在Micropterus salmoides中对含蛋白 (TEP) 的全基因组分析和表达特征
Yuping Chen1, Mengzhen Jiang1, Shengmei Tang1
1Kunpeng Institute of Modern Agriculture at Foshan, Agricultural Genomics Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Shenzhen, 518000, China; Shenzhen Branch, Guangdong Laboratory of Lingnan Modern Agriculture, Agricultural Genomics Institute at Shenzhen, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Shenzhen, 518000, China.
概括
这项研究确定了大鱼中21个含有硫蛋白质 (TEP) 的基因,揭示了对Aeromonas感染的替代拼接. 这突显了远程先天免疫的新监管机制.
科学领域:
- 基因组学和分子生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 水生生物学 水生生物学
背景情况:
- 含有铁的蛋白质 (TEP) 对于各种生物体的先天免疫是至关重要的.
- 在此之前,对微型鱼 (Micropterus salmoides) 的TEP基因家族进行全面分析是缺乏的.
- 了解大鱼的TEP对于水产养殖和鱼类健康很重要.
研究的目的:
- 为了识别和表征大嘴基因组中的TEP基因家族.
- 研究TEP基因的表达模式和替代拼接,以应对细菌感染.
- 阐明TEPs和替代拼接在teleost天生的免疫力中的作用.
主要方法:
- 在M. salmoides.中全基因组识别TEP基因.
- 遗传学分析和同源性评估与其他远端TEPs.
- 转录组分析,包括非同义单核酸变体 (nsSNVs) 和替代拼接 (AS) 事件.
- 在Aeromonas感染后进行差异替代拼接 (DAS) 分析.
- 定量实时PCR (qRT-PCR) 用于表达式验证.
主要成果:
- 在M. salmoides中确定了21个TEP基因,不同家族的副本数量不同 (A2M,CD109,C3,C4,C5,A2ML1,CPAMD8).
- 在TEP转录中检测到许多nsSNV,特别是在MsA2ML1,MsC3和MsC4中.
- 在TEP基因中观察到替代拼接,在Aeromonas感染后显著诱导MsA2ML1变异,主要是通过第18个外型的AS.
- TEP基因对Aeromonas感染表现出反应性,这得到了转录组数据和qRT-PCR的证实.
结论:
- 这项研究提供了大鱼中TEP的第一个全面目录.
- 感染诱导的替代拼接代表了一种新的调节机制,有助于teleosts的先天免疫反应.
- 这些发现增强了我们对鱼类免疫力和TEP功能的理解.
