非正规的开放阅读框架在协调细胞命运中的功能景观
Kaiyuan Zhu1, Wan-Chen Li1, Jamin Liu2
1Department of Pharmacology and Cecil H. and Ida Green Center, The University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX, USA; Altos Labs, Redwood City, CA, USA.
研究人员发现了IncPRESS1,这是一种调节细胞命运的双功能RNA. 它作为核中的长非编码RNA (lncRNA) 和细胞质中的微蛋白,协调发育.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 发展生物学 发展生物学
背景情况:
- 人类基因组中的成千上万个未注释的短开放阅读框架 (sORF) 可能编码具有未知的功能的微蛋白.
- 了解这些sORF编码微蛋白的作用对于探索基因组的全部功能能力至关重要.
研究的目的:
- 开发一种功能性选方法来识别由sORFs编码的微蛋白,这些微蛋白调节细胞分化.
- 研究新发现的微蛋白在细胞命运决定和早期发育中的特定作用和机制.
主要方法:
- 开发sORF-seq,这是一个功能选平台,用于识别sORF编码的微蛋白.
- 描述IncPRESS1在核和细胞质两部分的双重功能.
- 分析lncPRESS1在SWI/SNF复合体招募,基因表达,Sonic hedgehog (SHH) 信号传递和初级膜相互作用中的作用.
主要成果:
- 识别了数百种参与调节细胞分化的sORF编码微蛋白.
- 发现IncPRESS1作为具有双功能活性的细胞命运的关键调节剂.
- 通过SHH信号传递,证明IncPRESS1的核功能作为IncRNA编排基因表达和细胞质功能作为微蛋白指导血统承诺.
结论:
- lncPRESS1协调了核和细胞质调节网络,突出了塑造早期胚胎发生和人类大脑发育的新机制.
- 这些发现揭示了非正典ORFs在编排复杂的生物途径中的范式,扩大了对功能基因组的理解.
- 这项研究强调了探索sORF及其编码微蛋白的重要性,以全面了解基因调节和功能.
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