GeoMx和RNAscope:对它们对于在形式氨基固定的乳腺癌组织中的空间mRNA表达简介的实用性的比较评估

科学领域:

• 生物医学研究的研究.
• 分子病理学分子病理学
• 癌症基因组学 癌症基因组学

背景情况:

• 准确的mRNA表达分析在甲固定组织中对于生物标志物发现和理解瘤微环境至关重要.
• 高复杂空间转录学 (NanoString GeoMx) 和现场杂交 (RNAscope) 是此分析的关键技术.

研究的目的:

• 在乳腺癌组织中比较NanoString GeoMx数字空间分析仪和RNAscope之间的定量mRNA表达估计.
• 评估两个生物标志物评估平台的相关性和性能特征.

主要方法:

• 来自乳腺癌TMA的连续组织切片使用GeoMx癌症转录学图谱 (CTA) 和RNAscope探针对GATA3,SOX10和PD-L1.1进行了分析.
• 表达量被量化为计数/细胞 (GeoMx) 和平均点/细胞 (RNAscope).
• 对于每个方法,确定了正值值.

主要成果:

• 在GeoMx和RNAscope之间观察到GATA3 (R=0.87) 和SOX10 (R=0.77) 表达的高相关性.
• 与GeoMx相比,RNAscope显示出更高的灵敏度和更广泛的动态范围.
• 由于局部高表达,PD-L1分析受到限制.

结论:

• 在乳腺癌的mRNA表达分析中,NanoString GeoMx CTA和RNAscope表现出强烈的定量相关性.
• GeoMx适用于高度多重化的基因表达造型,而RNAscope在灵敏度和单细胞分辨率方面表现出色.
• 方法选择应与空间转录组学方面的具体研究目标保持一致.