FDB&FragLinker:一个大型碎片数据库,用于蛋白质-连接体复合体内的快速连接体优化
Lei Zheng1, Qisheng Zhou2, Tianxiang Fu3
1NYU-ECNU Center for Computational Chemistry, NYU Shanghai, Shanghai 200124, China; Department of Chemistry, New York University, NY, NY 10003, USA.
Journal of molecular biology
|March 9, 2026
概括
基于碎片的药物设计得到了FDB&FragLinker的增强,FDB&FragLinker是探索和重组分子碎片的工具. 这种共价对接方法比其他方法更快地产生高质量的3D连接体复合体.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 药物发现 药物发现
- 结构生物学是结构生物学.
背景情况:
- 基于碎片的药物设计是识别高质量的药物潜在客户的关键策略.
- 现有的分子建模和优化方法在速度和结构准确性方面存在局限性.
研究的目的:
- 介绍FDB&FragLinker,一个集成的数据库和共价优化工具.
- 为了实现药物设计的分子碎片的高效探索,修改和重组.
主要方法:
- 使用来自DrugBank和ZINC数据库 (800M分子) 的片段.
- 实施基于碎片级共价对接的新型3D复杂生成工具.
- 精确地将碎片连接到小分子的指定连接原子.
主要成果:
- 生成高质量的3D蛋白质优化的联结体复杂结构.
- 与传统的对接方法相比,实现了更高的结构保真性.
- 与最近基于扩散的生成模型相比,其表现明显更快.
结论:
- FDB&FragLinker为小分子优化和修改提供了一种强大而高效的方法.
- 该工具是多功能,适用于PROTACs,小分子聚和更多.
- FDB&FragLinker是开源的,可以通过Web服务器和GitHub访问.


