大量RNA-seq,机器学习,孟德尔随机化和单细胞测序的综合分析揭示了SLC22A3作为动脉样硬化中的溶性载体超级家族相关生物标志物

科学领域:

• 心血管生物学 心血管生物学
• 分子遗传学 分子遗传学
• 药理学 药理学是指药理学的学科.

背景情况:

• 动脉样硬化 (AS) 病原发生涉及溶解物载体 (SLC) 超级家族.
• 确定AS的新生物标志物和治疗点至关重要.

研究的目的:

• 确定新的动脉样硬化生物标志物和治疗点.
• 调查SLC22A3在AS病变发生中的作用.

主要方法:

• 包括WGCNA和机器学习 (LASSO,SVM-RFE,XGBoost,随机森林) 在内的多omics分析,基于大量的RNA-seq数据.
• 使用外部数据集 (GSE28829,GSE163154) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 的验证.
• 使用SMR分析,分子对接和分子动力学模拟进行因果推断.

主要成果:

• 确定SLC22A3是AS下调的关键基因.
• 对于AS,SLC22A3的诊断准确度很高 (AUC>0.9).
• 在SLC22A3表达和降低AS风险之间发现了因果关系.
• SLC22A3在光滑肌细胞 (SMC) 中特异性表达,并且在症状患者中降低.
• 六种FDA批准的药物被提名为潜在的SLC22A3向疗法.

结论:

• SLC22A3 是一种潜在的AS诊断生物标志物.
• SLC22A3代表了AS的新型治疗点.
• 在AS病变发生过程中,SLC22A3的功能与光滑肌细胞有关.