先进的蛋白学深度和定量性能使用集成的noFAIMS-FAIMS方法

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 质谱测量质量谱测量
• 细胞信号传输 细胞信号传输

背景情况:

• 蛋白质酸化对细胞调节至关重要,并与癌症等疾病有关.
• 通过质谱测量检测低丰度的类仍然具有挑战性.
• 高场不对称波形离子流动性光谱法 (FAIMS) 改善了类的检测,但存在局限性.
• 将FAIMS与传统的非FAIMS分析结合起来,可以提供补充数据.

研究的目的:

• 评估整合非FAIMS和FAIMS方法的有效性,以加强蛋白质组分析.
• 为了确定这些方法的结合是否增加了光的识别的深度和广度.
• 评估综合分析对关键细胞信号通路覆盖率的影响.

主要方法:

• 用UHPLC与Orbitrap Eclipse Tribrid质谱仪相结合分析了聚样本.
• 在各种FAIMS条件下,使用与合成酸的并行反应监测 (PRM) 评估了电离效率.
• 综合方法使用数据依赖获取 (DDA) 在HEK293和HeLa细胞光样本上进行了验证.

主要成果:

• 与单个方法相比,非FAIMS-FAIMS综合方法增加了14.9%-46.5%的类的识别.
• 综合策略表明,在复制品中具有很高的可重复性.
• 关键的信号通路 (例如EGF/EGFR,VEGFA-VEGFR2,PI3K-AKT) 通过捕获独特的蛋白来扩展覆盖范围.

结论:

• 整合非FAIMS和FAIMS显著提高了基蛋白质的深度和量化.
• 这一策略有效地利用了这两种方法的互补数据.
• 综合方法提供了一种实用和有效的手段,可以更深入地了解蜂信号传输.