解决一个复杂的GPIHBP1外因子3-4删除邻近低复杂度的重复使用自适应抽样长读序列在家族性基洛米克罗内米亚

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学
• 罕见疾病 罕见疾病

背景情况:

• 家族性胆小糖血症综合征 (FCS) 是一种罕见的遗传疾病,导致严重的高甘油三血症.
• GPIHBP1基因的删除是已知的FCS的原因之一.
• 由于复杂的基因组区域,标准PCR方法往往无法描述GPIHBP1删除中的断点.

研究的目的:

• 在患有FCS的患者中表征同卵性GPIHBP1删除.
• 评估长读测序与适应性采样的实用性,以解决低复杂性基因组区域中的结构变异.

主要方法:

• 使用无PCR的牛津纳米孔长读测序与适应性采样来丰富GPIHBP1位点.
• 通过适应性抽样,实现了目标地区的高覆盖率 (88x).
• 执行原生测序以识别删除断点.

主要成果:

• 在GPIHBP1 (NC_000008.11:g.143214459_143217987del) 中确定了一个同卵性~3.5kb的删除.
• 3'断点位于可变串联重复区域内,解释了以前的PCR失败.
• 与非丰富样本相比,自适应抽样显著改善了目标地区的覆盖率.

结论:

• 这项研究提供了使用原生长读序列的这种反复的GPIHBP1删除的第一个完整的特征.
• 适应性采样是一种有效的工具,用于解决困难的基因组区域中的结构变异.
• 这种方法可以在传统方法不足时诊断FCS.