在宿主干扰素抗病毒通路蛋白和SARS-CoV-2敏感性的跨物种序列变异性的分析中
Sally A Mayasich1,2, Peter G Schumann2, Maxwell Botz3
1Aquatic Sciences Center, University of Wisconsin-Madison, Madison, USA.
概括
SARS-CoV-2感染了许多哺乳动物,但ACE2保护不能预测易感性. 某些干扰素I通路蛋白质替代可能解释物种对SARS-CoV-2感染的耐药性.
科学领域:
- * 病毒学和生物信息学
- *哺乳动物宿主-病原体相互作用
- * 抗病毒免疫反应
背景情况:
- * 严重急性呼吸道冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 已经通过动物传播感染了30多种哺乳动物.
- *SARS-CoV-2尖端蛋白使用血管酶转化酶2 (ACE2) 受体进入细胞.
- * 种类易感性最初是通过ACE2蛋白序列保护来预测的,但经验数据显示许多易感物种具有ACE2变异.
研究的目的:
- * 调查24种宿主蛋白质的保存,这些蛋白质都与SARS-CoV-2感染有关.
- *分析宿主-病毒蛋白-蛋白相互作用及其对物种敏感性的影响.
- * 确定导致SARS-CoV-2传播耐药性或易感性的宿主因素.
主要方法:
- *利用生物信息学工具:顺序对齐以预测跨物种敏感性 (SeqAPASS),分子操作环境 (MOE) 和iCn3D.
- *对比24种宿主蛋白质的蛋白质序列相似性,保存域和关键氨基酸,包括ACE2,TMPRSS2和干扰素I通路蛋白.
- *评分了结合相互作用,并将结果与物种感染状况的经验数据进行了比较.
主要成果:
- *24个研究的蛋白质中有13个被保存;五个缺乏足够的数据来进行关键氨基酸分析.
- * 蛋白质-蛋白质接口变异在许多氨基酸替代中被容忍,与分类学分类相一致,而不是感染状态.
- *四种干扰素I通路蛋白 (MDA5,NEMO,IRF3和ISG15) 显示出潜在的替代物破坏蛋白质-蛋白质相互作用.
结论:
- * 特定的干扰素I抗病毒途径蛋白的替代可能会破坏宿主-病毒相互作用.
- * 这些蛋白质变异可能是物种对SARS-CoV-2耐药性的关键决定因素.
- *研究结果可能有助于预测物种传播SARS-CoV-2的可能性.


