使用基于血统的传播模拟来检测哈普洛型偏差:在果繁殖中发生的选择痕迹
Hideto Mochizuki1, Mai F Minamikawa2, Kosuke Hamazaki3
1Laboratory of Biometry and Bioinformatics, Department of Agricultural and Environmental Biology, Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo, 1-1-1 Yayoi, Bunkyo, Tokyo 113-8657, Japan.
基因滴滴模拟揭示了果繁殖种群的选择特征. 这种方法可以识别水果特征和压力功能的选择中的基因组区域,帮助未来的育种工作.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 农业科学 农业科学
- 人口遗传学 人口遗传学
背景情况:
- 果繁殖面临的挑战是由于长代和有限的遗传多样性,因为精英品种的过度使用.
- 了解选择过程对于改善多年生果树的育种策略至关重要.
研究的目的:
- 调查日本果育种计划中的历史和正在进行的选择.
- 通过选择形成的基因组区域和创始代基因的识别.
- 开发一种方法来发现多年作物中神秘的选择信号.
主要方法:
- 应用基因滴滴模拟,一种基于血统的方法,对185种果品种.
- 利用 11,786 个全基因组单核酸多态性标记物进行基因造型.
- 量化了创始人哈普洛型分布,并确定了频率偏差显著的区域.
主要成果:
- 确定了基因组区域,其创始人单元型频率偏离预期,表明选择.
- 观察到选定的区域和与果糖含量等水果特征相关的位置之间的重叠 (例如",黄金美味"杂型).
- 基因本体学分析揭示了与压力和发育相关的基因的选择.
结论:
- 基因滴滴模拟方法有效地检测选择而不需要表型数据,揭示了隐秘的选择.
- 这种方法可以识别未充分利用的创始基因基因,以扩大果育种中的遗传基础.
- 该方法可适应其他具有血统和基因组数据的多年作物,为改善育种结果提供了一个框架.
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