StaggR:一个交互式R/Shiny应用程序,用于规划和可视化分阶段实验协议

科学领域:

• 生命科学 生命科学
• 生物技术是生物技术.
• 实验生物学实验生物学

背景情况:

• 生物实验需要精确的时间控制才能获得准确的结果.
• 对于并行加工而言,分层处理是复杂的,特别是对于大量的样品和操作.
• 确定平行工作流程的有效处理方案是具有挑战性的,容易出现错误.

研究的目的:

• 开发一个交互式Web应用程序,StaggR,用于计算和可视化并行实验工作流程中兼容的分阶间隔.
• 为实验人员提供一个用户友好的工具来管理复杂的,时间敏感的生物实验.
• 提高高通量生物研究的可复制性和效率.

主要方法:

• 开发了StaggR,这是一个具有用户友好的界面的交互式Web应用程序.
• 实现功能来定义协议操作,持续时间和等待时间.
• 启用了无冲突分级间隔的自动计算和用户定义间隔的模拟.
• 集成了一个内置的定时器,用于实时计划更新和保存/重新导入实验设计的功能.

主要成果:

• StaggR成功地计算并可视化了平行工作流程的兼容分阶间隔.
• 该应用程序允许快速生成彩色编码的实验时间表.
• 用户可以在易于阅读的图表中可视化工作流程,并通过实时更新执行它们.
• 实验设计被保存,共享和重新导入,确保可复制性.

结论:

• StaggR简化了复杂,并行生物实验的设计和执行.
• 该工具提高了实验吞吐量,并最大限度地提高了可重现性.
• StaggR使所有经验水平的研究人员能够有效地管理复杂的实验时间表.