使用新建立的基于捕获的下一代测序方法,识别和对以前未知的沙传播的飞病毒进行全基因组测序

科学领域:

• 病毒学和分子生物学
• 关节动物传播疾病 关节动物传播疾病
• 基因组学和生物信息学

背景情况:

• 沙传播的弗勒博病毒在人类中引起发烧和神经侵入性疾病.
• 已知的感染集中在地中海,但新的发现表明更广泛的分布.
• 由于低质量,低病毒载量样本,检测新型弗勒博病毒是具有挑战性的.

研究的目的:

• 从具有挑战性的样本中开发一种可靠的方法来检测和表征新型弗勒博病毒.
• 为了研究肯尼亚的沙中的弗勒博病毒的遗传多样性.
• 探索沙传播病毒的潜在动物传播途径.

主要方法:

• 开发了一种基于捕获的目标丰富下一代测序 (NGS) 方法.
• 在肯尼亚收集的15,652只沙上应用了这种方法.
• 利用DNA条形码识别沙物种并分析宿主养模式.

主要成果:

• 实现了99%-100%的病毒基因组折叠丰富,使得完整的基因组恢复.
• 确定了七个完整的编码序列,包括五种已知的病毒和两种新型的博病毒 (Sosoik和Shable病毒).
• 检测到一个重组的Shable病毒,并确定了具有不同宿主养行为 (人类,牲畜,爬行动物) 的新型*Sergentomyia*物种.

结论:

• 新的NGS方法对于从低质量的样本中恢复病毒基因组是有效的.
• 这项研究将旧世界博病毒的已知遗传多样性增加了38.9%,并证实了它们在东非的存在.
• 这些发现强调了由于潜在的动物传染,在研究不足的地区扩大对传播的飞病毒的监测的重要性.