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来自生物序列数据的进化树的信心.

M A Steel1, P J Lockhart, D Penny

  • 1Department of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand.

Nature
|July 29, 1993
PubMed
概括
此摘要是机器生成的。

基因组核酸频率,特别是G + C含量,可以误导进化树的结构. 一个新的依赖频率的显著性测试有助于纠正这些遗传学分析中的错误.

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科学领域:

  • 人类遗传学 是一个学科.
  • 基因组学就是基因组学.
  • 进化生物学 进化生物学

背景情况:

  • 从核酸序列构建可靠的进化树通常依赖于像引导和PTP这样的随机化测试.
  • 多种生物体 (细菌,病毒,动物,植物) 的基因组在核酸频率上表现出显著的变化.
  • 基因组中的融合G+C基组成可以创建虚假信号,导致错误的树估计.

研究的目的:

  • 为了解决G+C内容偏差在家族遗传树重建中的问题.
  • 为评估进化假设提出一种正式的依赖频率的显著性测试.

主要方法:

  • 开发和正式化一个依赖频率的显著性测试.
  • 测试的应用,以识别和纠正植物遗传学分析中的G+C含量诱导的偏差.

主要成果:

  • 随机化测试可以错误地拒绝正确的进化假设或接受错误的由于G + C内容相似性.
  • 拟议的依赖频率的显著性测试提供了一种检测和解释G + C内容偏差的方法.
  • 由于这种偏差,从像rbcS和rbcL这样的序列中证明了矛盾推断的潜力.

结论:

  • G+C含量变化对准确的遗传学推断构成了重大挑战.
  • 频率依赖的显著性测试提供了一个可概括的解决方案,以提高进化树结构的可靠性.
  • 这种方法提高了跨不同种群的遗传学分析的稳定性.