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埃舍里希亚大肠杆菌K-12的完整基因组序列
F R Blattner1, G Plunkett, C A Bloch
1Laboratory of Genetics, University of Wisconsin-Madison, 445 Henry Mall, Madison, WI 53706, USA. ecoli@genetics.wisc.edu
Science (New York, N.Y.)
|September 5, 1997
概括
大肠杆菌K-12基因组序列揭示了广泛的基因家族和复制链接的组织. 这种细菌基因组由于水平基因转移而表现出可塑性,许多基因缺乏已知的功能.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 大肠杆菌K-12的完整基因组序列为微生物研究提供了基础资源.
- 了解基因的内容和组织对于破译细菌生物学至关重要.
研究的目的:
- 为了呈现 Escherichia coli K-12 的完整基因组序列.
- 分析基因家族,基因组组织,并确定标志着横向基因转移的特征.
主要方法:
- 全基因组测序和组装.
- 对注释基因和蛋白质家族的生物信息分析.
- 与其他微生物物种进行比较的基因组学.
主要成果:
- 大肠杆菌K-12基因组包括4,639,221个基对和4,288个蛋白质编码基因,其中38%未被表征.
- 确定了无处不在和狭窄分布的基因家族,包括一个由80个ABC转运器组成的大家族.
- 观察到基因组范围内的组织偏向于复制的方向,具有特定的核酸和基因方向.
- 检测到插入序列元素,菌体残留物和不寻常的组成补丁,表明水平基因转移.
结论:
- 大肠杆菌K-12基因组表现出显著的结构组织和可塑性.
- 它的基因中有很大一部分仍然没有功能性注释,突出了未来研究的领域.
- 横向基因转移的证据有助于细菌基因组的动态性.