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RNA-seq03:21

RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
11.8K
Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

4.1K
Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique...
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Transcriptómica espacial de todo el genoma sin secuenciación a resolución de una sola molécula

Yubao Cheng1, Shengyuan Dang1, Yuan Zhang1

  • 1Department of Genetics, Yale University School of Medicine, New Haven, CT 06510, USA.

Cell
|October 2, 2025
PubMed
Resumen

Los investigadores desarrollaron RAEFISH, un nuevo método de transcriptómica espacial que proporciona cobertura de todo el genoma y resolución de una sola molécula. Esta tecnología permite el mapeo de alta resolución de la expresión génica en tejidos intactos, avanzando el análisis celular y tisular.

Palabras clave:
pantalla CRISPR de alto contenidoimágenes de ARN altamente multiplexadasTranscriptómica espacial y sus aplicaciones

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Área de la Ciencia:

  • Biología molecular
  • La genómica
  • Biotecnología

Sus antecedentes:

  • La transcriptómica espacial hace avanzar la comprensión celular y del tejido.
  • Los métodos actuales se enfrentan a limitaciones en la cobertura transcriptómica y la resolución espacial.
  • El análisis transcriptómico imparcial y de alta resolución sigue siendo un reto.

Objetivo del estudio:

  • Desarrollar un nuevo método de transcriptómica espacial con mayor cobertura y resolución.
  • Para permitir análisis transcriptómicos imparciales y libres de hipótesis en tejidos intactos.
  • Para perfilar la expresión génica a resolución de una sola molécula en todo el genoma.

Principales métodos:

  • Se ha desarrollado una hibridación in situ de fluorescencia con amplicón de candado inverso (RAEFISH).
  • RAEFISH es una técnica de transcriptómica espacial basada en imágenes.
  • RAEFISH aplicado a tejidos humanos y ratones intactos para el perfil de transcripción.

Principales resultados:

  • Se ha logrado la cobertura de todo el genoma y la resolución de una sola molécula in situ.
  • Se ha demostrado el perfilamiento espacial de ~ 23,000 genes humanos o ~ 22,000 de ratones.
  • Reveló la localización de transcripción, transcriptomas específicos del tipo de célula y programas genéticos para las interacciones celulares.
  • RAEFISH adaptado para la lectura espacial de ARN guía en las pantallas CRISPR.

Conclusiones:

  • RAEFISH ofrece una tecnología ampliamente aplicable para la elaboración de perfiles de ARN espacial de alta cobertura y alta resolución.
  • Permite el análisis detallado de ARN nativos y diseñados en diversos contextos biomédicos.
  • Facilita avances en la comprensión de la función celular, la organización y las interacciones.