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Mara S Burns1, Ricardo Miramontes2, John C Reidling2

  • 1Department of Neurobiology & Behavior, University of California, Irvine, Irvine, CA 92617, USA.

STAR protocols
|December 28, 2025
PubMed
Resumen
Este resumen es generado por máquina.

Este estudio detalla un protocolo para la transcriptómica espacial y la secuenciación de ARN de célula única en tejidos de ratón. Permite la investigación de la expresión génica y la señalización celular en microambientes de tejido enfermo.

Palabras clave:
ARN-seqbiología celularexpresión génicabiología molecularneurocienciasecuenciacióncélula única

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Área de la Ciencia:

  • Biología Molecular
  • Genómica
  • Neurociencia

Sus antecedentes:

  • La comprensión de la expresión génica espacial y la señalización intercelular en tejidos enfermos es crucial para dilucidar los mecanismos de la enfermedad.
  • Los métodos actuales pueden no capturar completamente el intrincado paisaje molecular dentro de las estructuras tisulares intactas.

Objetivo del estudio:

  • Presentar un protocolo integral para investigar los impulsores moleculares transcripcionales dentro del tejido murino intacto.
  • Integrar la transcriptómica espacial y la secuenciación de ARN de célula única para el análisis de tejidos de alta resolución.

Principales métodos:

  • El protocolo implica la recolección y procesamiento de tejido cerebral de ratón de diversas edades.
  • Detalla el montaje del tejido, la tinción, la recolección de secciones de tejido FLEX, la fijación, la disociación y el almacenamiento celular.
  • Utiliza la transcriptómica espacial 10× Genomics Visium y la secuenciación de ARN de célula única (scRNA-seq) 10× Genomics FLEX.

Principales resultados:

  • El protocolo proporciona un marco para el análisis detallado de los patrones de expresión génica dentro de regiones espaciales específicas del tejido.
  • Permite la identificación de impulsores moleculares y redes de comunicación intercelular in situ.
  • Facilita el estudio de los cambios transcripcionales asociados con estados de enfermedad en tejidos complejos.

Conclusiones:

  • Este protocolo ofrece un método robusto para el perfilado molecular de alta resolución de tejidos intactos.
  • Mejora la comprensión de la heterogeneidad espacial en la expresión génica y las interacciones celulares.
  • La metodología presentada es valiosa para la investigación en biología del desarrollo, neurociencia y patología de enfermedades.