ゼブラフィッシュのタンパク質をコードする遺伝子機能の系統的な全ゲノム分析
Ross N W Kettleborough1, Elisabeth M Busch-Nentwich, Steven A Harvey
1Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SA, UK.
Nature
|April 19, 2013
まとめ
この研究は,高通量配列と化学変異遺伝子を用いて,ゼブラフィッシュのタンパク質をコードする遺伝子の38%以上で破壊的な変異を特定しています. 研究者は,胚形成中の遺伝子機能を評価するためのフェノタイプ化スキームを開発し,すべてのデータを公開しました.
科学分野:
- ゲノミクスゲノミクスとは
- 発達生物学 発達生物学について
- 遺伝学 遺伝学とは
背景:
- 人間の病気に関連する遺伝子の発見は急速に進んでいますが,その生物学的機能は不明です.
- ゼブラフィッシュのようなモデル生物の遺伝子機能を調査することは極めて重要ですが,現在の遺伝子研究方法によって制限されています.
- ゼブラフィッシュの遺伝子機能を研究するための既存の方法は,大規模で高通量分析には適していません.
研究 の 目的:
- すべてのゼブラフィッシュのタンパク質をコードする遺伝子の破壊的な変異を特定し,フェノタイプ化します.
- 遺伝子機能と生物学的活動を評価するための高スループットメソッドを確立する.
- ゼブラフィッシュの遺伝子変異とフェノタイプデータに関する包括的なリソースを科学コミュニティのために作成する.
主な方法:
- よく注釈されたゼブラフィッシュの参照ゲノム配列を用いた.
- 変異の識別のために,高通量配列化と効率的な化学的変異遺伝を用いた.
- 胚形成中の遺伝子効果を評価するために,マルチアレルのフェノタイプ化スキームを開発し,適用しました.
主要な成果:
- すべての既知のゼブラフィッシュのタンパク質をコードする遺伝子の38%以上の潜在的に破壊的な変異を特定しました.
- 1,000以上の変異性アレルのフェノタイプ的な結果を分析した.
- ミュータントアレルとフェノタイプデータの公開可能なデータベースを確立しました.
結論:
- このプロジェクトは,多数のゼブラフィッシュの遺伝子変異を成功裏に生成し,フェノタイプ化しました.
- 開発されたフェノタイプ化スキームは,より広範なフェノタイプ分析に効率的で適応可能である.
- このリソースは,脊椎動物の遺伝子機能と病気の遺伝子オーソロギーの理解を大幅に前進させます.
