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Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique helps...
Ribosomal RNA Synthesis02:53

Ribosomal RNA Synthesis

Ribosome synthesis is a highly complex and coordinated process involving more than 200 assembly factors. The synthesis and processing of ribosomal components occurs not only in the nucleolus but also in the nucleoplasm and the cytoplasm of eukaryotic cells.
Ribosome biogenesis begins with the synthesis of 5S and 45S pre-rRNAs by distinct RNA polymerases. The primary transcripts are extensively processed and modified before they are bound and folded by ribosomal proteins and assembly factors,...
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Types of RNA01:20

Types of RNA

Three main types of RNA are involved in protein synthesis: messenger RNA (mRNA), transfer RNA (tRNA), and ribosomal RNA (rRNA). These RNAs perform diverse functions and can be broadly classified as protein-coding or non-coding RNA. Non-coding RNAs play important roles in regulating gene expression in response to developmental and environmental changes. Non-coding RNAs in prokaryotes can be manipulated to develop more effective antibacterial drugs for human or animal use.
RNA Performs Diverse...
Types of RNA01:23

Types of RNA

Overview
Three main types of RNA are involved in protein synthesis: messenger RNA (mRNA), transfer RNA (tRNA), and ribosomal RNA (rRNA). These RNAs perform diverse functions and can be broadly classified as protein-coding or non-coding RNA. Non-coding RNAs play important roles in the regulation of gene expression in response to developmental and environmental changes. Non-coding RNAs in prokaryotes can be manipulated to develop more effective antibacterial drugs for human or animal use.
RNA...
lncRNA - Long Non-coding RNAs02:39

lncRNA - Long Non-coding RNAs

In humans, more than 80% of the genome gets transcribed. However, only around 2% of the genome codes for proteins. The remaining part produces non-coding RNAs which includes ribosomal RNAs, transfer RNAs, telomerase RNAs, and regulatory RNAs, among other types. A large number of regulatory non-coding RNAs have been classified into two groups depending upon their length – small non-coding RNAs, such as microRNA, which are less than 200 nucleotides in length, and long non-coding RNA (lncRNA)...

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Mitchell Guttman1, Pamela Russell, Nicholas T Ingolia

  • 1Broad Institute of MIT and Harvard, 7 Cambridge Center, Cambridge, MA 02142, USA. mguttman@caltech.edu

Cell
|July 2, 2013
PubMed
まとめ

大量のノンコーディングRNA (lncRNAs) は,細胞の調節に不可欠です. 新しい研究は,リボソームの占有率だけでは翻訳を証明しないことを示しており,ほとんどのIncRNAがタンパク質を作らないことを示唆しています.

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科学分野:

  • 分子生物学は分子生物学である.
  • 遺伝学 遺伝学とは
  • RNA 生物学 RNA 生物学

背景:

  • 大型非コーディングRNA (lncRNAs) は,細胞プロセスにおける重要な調節因子である.
  • 証拠によると,lncRNAsはタンパク質製品ではなく,RNA分子として直接機能する.
  • リボソームがlncRNAsと結合することを示す最近の研究では,それらのタンパク質コーディングの可能性に関する疑問が提起されました.

研究 の 目的:

  • リボソーム占有率が,lncRNAsにおけるタンパク質コーディングの可能性の信頼できる指標であるかどうかを判断する.
  • 暗号化と非暗号化トランスクリプトを区別するための堅牢な方法を開発する.
  • 細胞の調節における lncRNA の機能的役割を明らかにする.

主な方法:

  • 異なるRNAクラス (lncRNAs,古典的ノンコーディングRNAs,5' UTRs) におけるリボソーム占有率の比較分析.
  • リボソームがストップコドンで放出する新しいメトリックの開発と適用.
  • タンパク質コーディングとノンコーディングのトランスクリプトを区別するためのメトリックの検証.

主要な成果:

  • リボソームの占有量は,トランスクリプトをコーディングまたはノンコーディングに分類するのに不十分です.
  • 古典的なノンコーディングRNAsと5' UTRsは,リンクRNAsと似たリボソーム占有率を示しています.
  • 新規のストップコドンベースのメトリックは,コード化と非コード化トランスクリプトを正確に区別します.
  • ほとんどのlncRNAは,機能性タンパク質に変換されないようです.

結論:

  • リボソーム結合だけでは,タンパク質翻訳の信頼性の低いマーカーです.
  • ストップコドン依存の放出メカニズムは,コーディングポテンシャルのより正確な差別因子です.
  • この発見は,ほとんどの大型インタージェニック・ノンコーディングRNA (lincRNAs) がタンパク質製品を通じて機能しないことを示唆しています.
  • この研究は,細胞の調節におけるlncRNAsの機能的メカニズムを明らかにします.