マウス脳空間細胞タイプ分解能トランスクリプトーム発見を10×Visium空間トランスクリプトミクスおよびFLEX scRNA-seqを用いて評価するプロトコル

科学分野:

• 分子生物学
• ゲノミクス
• 神経科学

背景:

• 疾患組織における空間的遺伝子発現と細胞間シグナル伝達の理解は、疾患メカニズムの解明にとって重要である。
• 現在の方法では、完全な組織構造内の複雑な分子ランドスケープを完全に捉えられない場合がある。

研究 の 目的:

• 完全なマウス組織内の分子転写ドライバーを調査するための包括的なプロトコルを提示する。
• 高解像度の組織分析のために空間トランスクリプトミクスと単一細胞RNAシーケンシングを統合する。

主な方法:

• 本プロトコルには、様々な年齢のマウス脳組織の収集と処理が含まれる。
• 組織のマウンティング、染色、FLEX組織切片の収集、固定、解離、細胞保存について詳述する。
• 10×Genomics Visium空間トランスクリプトミクスおよび10×Genomics FLEX単一細胞RNAシーケンシング（scRNA-seq）を利用する。

主要な成果:

• 本プロトコルは、組織の特定の空間領域内の遺伝子発現パターンの詳細な分析のためのフレームワークを提供する。
• 分子ドライバーおよび細胞間コミュニケーションネットワークをその場で同定することを可能にする。
• 複雑な組織における疾患状態に関連する転写変化の研究を促進する。

結論:

• 本プロトコルは、完全な組織の高解像度分子プロファイリングのための堅牢な方法を提供する。
• 遺伝子発現および細胞間相互作用における空間的異質性の理解を深める。
• 提示された方法論は、発生生物学、神経科学、および疾患病理学の研究に価値がある。