GPCRana:用于定量分析GPCR结构的Web服务器
Yu Guo1, Qingtong Zhou2, Bin Wei3
1iHuman Institute, ShanghaiTech University, Shanghai 201210, China; School of Life Science and Technology, ShanghaiTech University, Shanghai 201210, China; University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China; Shanghai Institute of Nutrition and Health, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China.
GPCRana是一个新的网络服务器,用于分析G蛋白结合受体 (GPCR) 结构. 它提供了易于使用的工具,用于残留物-残留物接触评分 (RRCS) 分析,配体相互作用和通路分析.
科学领域:
- 结构生物学 结构生物学
- 计算化学计算化学
- 药理学 药理学是指药理学的学科.
背景情况:
- G蛋白结合受体 (GPCR) 是关键的药物标,已知有900多种结构.
- 现有的GPCR结构分析工具缺乏用户友好性.
- 废物-废物接触评分 (RRCS) 提供了对GPCR结构的定量见解.
研究的目的:
- 开发GPCRana,一个用户友好的Web服务器,用于全面的GPCR结构分析.
- 为了促进研究GPCR功能,药理学和形状变化的研究.
- 为了分析GPCR结构,包括AlphaFold2预测模型.
主要方法:
- 用户友好的界面开发GPCRana网络服务器.
- 用3D可视化实现所有残留对的RRCS计算.
- 对联体受体相互作用,激活通路和跨膜螺旋运动 (RRCS_TMs) 的分析.
- 能够比较两个结构之间的形状变化.
主要成果:
- GPCRana提供了关于上传的GPCR结构的即时,全面的报告.
- 服务器可视化RRCS,联体受体相互作用,激活路径和螺旋体运动.
- 使用GPCRana对AlphaFold2模型的分析揭示了明显的螺旋间包装.
- 可以有效地分析结构之间的形态变化.
结论:
- GPCRana为GPCR结构分析提供了一个快速,精确和可访问的平台.
- 网络服务器有助于理解GPCR的结构功能关系和药理学.
- 对于研究GPCRs的研究人员来说,GPCRana是一个宝贵的资源,包括预测模型.
更多相关视频
08:27Expression and Purification of the Human Lipid-sensitive Cation Channel TRPC3 for Structural Determination by Single-particle Cryo-electron Microscopy
Published on: January 7, 2019
09:15Monitoring Protein-RNA Interaction Dynamics In Vivo at High Temporal Resolution Using χCRAC
Published on: May 9, 2020
相关概念视频
G Protein-coupled Receptors
GPCRs are also called heptahelical, 7TM, or serpentine receptors, and consist of seven (H1-H7) transmembrane alpha-helices that span the bilayer to form a cylindrical core. The transmembrane helices are connected by three extracellular loops and three...
Transducer Mechanism: G Protein–Coupled Receptors
GPCRs are also called heptahelical,...
