在小鼠肝脏组织中量化批量和单核色素可访问性的协议.
Noga Korenfeld1, Nicolaj I Toft2, Trine V Dam2
1Institute of Biochemistry, Food Science and Nutrition, The Robert H. Smith Faculty of Agriculture, Food and Environment, The Hebrew University of Jerusalem, POB 12, Rehovot 7610001, Israel.
STAR protocols
|August 17, 2023
概括
本研究提出了一种修改的转移酶可访问的染色质测序 (ATAC-seq) 协议,用于全基因组染色质可访问性测量. 最优化的方法包括肝脏组织的详细步骤,并提供批量和单核ATAC-seq方法.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 染色质的可访问性对细胞功能至关重要,它调节了DNA结合蛋白的访问.
- 转化酶可访问的染色体测序 (ATAC-seq) 是全基因组可访问性研究的一个关键技术.
研究的目的:
- 详细介绍一个修改的ATAC-seq协议,用于测量全基因组染色质可访问性.
- 为了优化肝脏组织的协议,这提出了独特的核隔离挑战.
- 为大量和单核ATAC-seq应用提供全面的指导.
主要方法:
- 经过修改的转化酶可访问的染色质序列测定 (ATAC-seq) 试验.
- 原子核隔离,标记和PCR放大的详细协议.
- 包括排序前和后的质量控制步骤.
主要成果:
- 一个精细的ATAC-seq协议,可以测量全基因组的染色质可访问性.
- 针对从肝脏组织中隔离核的特定优化.
- 两种不同的实验风格:大量的ATAC-seq和单核的ATAC-seq.
结论:
- 提出的修改后的ATAC-seq协议对于评估染色质可访问性是有效的.
- 该协议是强大的和适应性的,特别是在肝脏组织分析.
- 为使用散装和单核ATAC-seq.q.的研究人员提供了宝贵的资源.
