SCP Viz - 一个通用图形用户界面,用于单细胞蛋白质组学数据集中的单蛋白质分析
Ahmed Warshanna1, Benjamin C Orsburn1
1The Department of Pharmacology and Molecular Sciences; The Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, USA, 21205.
bioRxiv : the preprint server for biology
|September 11, 2023
概括
单细胞蛋白质组学 (SCP) 分析由于蛋白质丰度评估而具有挑战性. SCP Viz是一个新的软件工具,简化了从各种来源可视化和分析单细胞蛋白质组数据.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 单细胞蛋白质组学 (SCP) 对于生物学见解至关重要,但在分析蛋白质丰富性方面面临挑战.
- 现有的方法缺乏处理各种SCP输出数据的通用解决方案.
研究的目的:
- 开发一个用户友好的统计包,SCP Viz,用于单细胞蛋白质组学数据的全面分析.
- 为SCP输出提供多功能可视化和数据转换工具.
主要方法:
- 开发了SCP Viz,这是一个带有图形用户界面的统计包.
- 针对未调整和正常化蛋白质丰度的实施图表选项,包括转换和归算.
- 集成的基于文本的过器,用于重新分组细胞亚群和识别改变的蛋白质.
主要成果:
- SCP Viz可以处理来自任何仪器或软件的小型和大型SCP输出.
- 该软件有助于在蛋白质,细胞和亚细胞群体水平上可视化蛋白质异质性.
- SCP Viz与主要的蛋白质组学数据处理软件 (MaxQuant,FragPipe,SpectroNaut,蛋白质组发现器) 兼容.
结论:
- SCP Viz解决了单细胞蛋白质组学中蛋白质丰度评估的挑战.
- 该软件能够对蛋白质组异质性的可靠可视化和分析.
- SCP Viz是科学界的一个有价值的,公开可用的工具.


