下一条流4MS-DIAL:用于液体染色学-质谱代谢学数据处理的可重复的基于下一条流的工作流
Xinsong Du1,2, Amanda Dobrowolski3, Mathias Brochhausen4
1Division of General Internal Medicine, Department of Medicine, Brigham and Women's Hospital, Boston, Massachusetts 02115, United States.
Journal of the American Society for Mass Spectrometry
|January 5, 2025
概括
在非目标代谢学数据处理中的可重复性通过Nextflow4MS-DIAL得到改善. 这种自动化工作流程增强了液体染色学-质谱学 (LC-MS) 数据分析,确保可靠和协作的研究成果.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 计算生物学 计算生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 在非定向的代谢学数据处理中,可重复性是一个重大挑战.
- 软件限制和复杂的手动步骤导致不一致.
- 需要自动化解决方案来提高数据处理的可靠性.
研究的目的:
- 为液体染色学-质谱学 (LC-MS) 代谢学数据处理开发可重复的工作流程.
- 为了应对软件限制和手动数据处理在代谢学中的挑战.
- 提高计算可重现性,促进协作研究.
主要方法:
- 开发了Nextflow4MS-DIAL,这是一个用于LC-MS代谢学数据处理的自动化工作流.
- 利用软件容器化来实现计算可重复性.
- 通过MetaboLights (MTBLS733) 的公开数据验证了工作流.
主要成果:
- 下一个流4MS-DIAL自动化LC-MS数据处理,最大限度地减少人为错误.
- 工作流通过容器化确保了计算可重复性.
- 与Unix类系统和多个任务调度器的兼容性得到证明.
结论:
- 下一条流4MS-DIAL显著提高了在非目标代谢学数据处理中的可重复性.
- 工作流程提高了数据分析的可靠性,并支持协作研究工作.
- 下一个流4MS-DIAL为LC-MS数据处理提供了一个灵活和用户友好的解决方案.


