混合下一代测序协议用于测试HIV-2药物耐药性
Fátima Gonçalves1, Joaquim Cabanas1, Inês Costa1
1Laboratório de Biologia Molecular (LMCBM, SPC, HEM, ULS-LO), Lisboa 1349-019, Portugal.
Journal of virological methods
|February 9, 2025
概括
下一代测序 (NGS) 能够有效地检测HIV-2 (PLHIV-2) 感染者的药物耐药性突变,从而改善治疗监测. 这种先进的方法识别了桑格测序遗漏的少数变异,从而提高了患者的护理.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- 全球HIV-2感染者超过100万人,治疗因固有的耐药性而复杂化.
- 监测药物耐药性突变 (DRM) 对于管理HIV-2 (PLHIV-2) 感染者治疗失败至关重要.
- 由于缺乏商业测试,需要开发用于DRM检测的内部方法.
研究的目的:
- 评估一种混合下一代测序 (NGS) 离子流协议,用于在PLHIV-2中检测DRM.
- 评估本NGS协议在管理HIV-2治疗中的临床实用性.
主要方法:
- 一个混合NGSIon Torrent协议被用于分析葡萄牙PLHIV-2的100个样本.
- 桑格测序对48个样本进行了比较分析.
- NGS成功地放大了关键的病毒区域:92%的蛋白酶,91%的逆转录酶和49%的整合酶.
主要成果:
- 对于关键的HIV-2耐药性区域,NGS显示了高放大率.
- 该NGS协议显示了与Sanger测序用于DRM识别的强烈统计一致.
- NGS发现了两个Sanger未检测到的逆转录酶突变 (K70E,M184V),突出显示了其对少数变异的优越敏感性.
结论:
- 混合NGS有效检测PLHIV-2中的DRM,包括少数变异.
- 这个NGS协议提供了全面的数据来调整抗逆转录病毒疗法 (ART) 方案.
- 实施NGS可以改善患者的治疗结果和PLHIV-2的护理质量.


