CCCdb:一个全面的手动策划的数据库,用于人类和小鼠细胞间的细胞通信
Mingcong Xu1,2, Guorui Zhang1, Xuan Wang1
1The First Affiliated Hospital & Hunan Provincial Key Laboratory of Multi-omics and Artificial Intelligence of Cardiovascular Diseases, Hengyang Medical School, University of South China, Hengyang, Hunan 421001, China.
Nucleic acids research
|November 4, 2025
概括
这项研究介绍了CCCDB,这是一个手动策划的数据库,用于实验验证人类和小鼠的细胞-细胞通信 (CCC). CCCdb提供了一个全面的资源,以了解组织平衡和疾病机制.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 细胞-细胞通信 (CCC) 对多细胞生物的组织,功能和可塑性至关重要.
- 进步的实验技术需要精心策划,经过实验验证的CCC数据跨越不同的生物环境.
- 了解复杂的多细胞系统和疾病微环境需要CCC的系统数据.
研究的目的:
- 介绍CCCdb,一个全面的,手工策划的数据库实验验证的人类和小鼠的CCC.
- 为参与CCC的细胞类型,组织和表型提供标准化的注释.
- 通过人工智能助理,提高CCC数据的可访问性和生物解释性.
主要方法:
- 手动策划成千上万的出版物以提取CCC信息.
- 8467个CCC条目的系统注释,包括关于细胞类型,组织和表型的标准化数据.
- 集成基于 ReAct 的 AI 助手,用于自然语言查询和导航.
主要成果:
- CCCdb包含了8467个经过实验验证的人类和老鼠的CCC条目.
- 该数据库涵盖98种组织,1132种细胞类型和548种表型.
- CCCs通过直接接触,自身蛋白,副蛋白和内分泌信号传递进行介导.
结论:
- CCCdb作为研究CCC的基础资源.
- 该数据库有助于阐明导致组织平衡和疾病进展的机制.
- 集成的人工智能助理增强了用户交互和数据解释.
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