基于连续性,正确性和完整性的四种细菌模型的基因组组装器的基准测试.
Hanzel Rojas-Miranda1, Vanessa Madrigal-Ly2, Jose Arturo Molina-Mora3
1Facultad de Microbiología y Centro de Investigación en Enfermedades Tropicales (CIET), Universidad de Costa Rica, San José, Costa Rica.
基因组组装策略的基准测试揭示了使用Unicycler的混合方法为细菌基因组提供了最佳的连续性,正确性和完整性. 适度的测序覆盖率足以获得高质量的结果.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 基因组组装重建基因组没有参考.
- 组装结果因测序技术和算法而异.
- 泛组合包括单个基因组的多种组合.
研究的目的:
- 为了对 prokaryotic 模型 (B. henselae,E. coli,P. aeruginosa,X. fastidiosa) 的部分组件进行比较.
- 评估序列属性的对汇编指标 (连续性,正确性,完整性) 的影响.
- 为了确定 de novo 基因组组装的最佳条件.
主要方法:
- 对短读,长读和混合测序策略的比较分析.
- 评估不同的组装算法 (Unicycler,Megahit,Canu,Wengan).
- 使用3C标准 (连续性,正确性,完整性) 评估组装质量.
主要成果:
- 短读策略产生了高的正确性和完整性,但连续性很低.
- 长读策略提供高连续性,但较低的完整性和准确性.
- 混合策略,特别是与Unicycler一起,在所有3C指标中提供最好的整体性能.
- 超过最低门的过度覆盖深度不会显著提高组装质量.
结论:
- 使用Unicycler的混合方法是de novo细菌基因组组件的最有效的总体策略.
- 优化的实验和生物信息学条件可以从泛组装基准测试中得出.
- 高质量的基因组组合可以通过适度的测序覆盖率来实现,从而降低成本.
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