单细胞超高通量多重染色体可访问性和基因表达序列 (SUM-seq)
Umut Yildiz1,2,3, Sara Lobato-Moreno4,5,6, Annique Claringbould4,6,7
1European Molecular Biology Laboratory, Genome Biology Unit, Heidelberg, Germany. umut.yildiz@bsse.ethz.ch.
Nature protocols
|February 26, 2026
概括
我们开发了SUM-seq,这是一个可扩展的单细胞试验,用于同时表观基因组和转录基因组分析. 这种具有成本效益的方法增加了大型生物研究的吞吐量和多重化.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 一个单细胞分析.
背景情况:
- 单细胞表观基因组和转录基因组分析对于理解基因调节网络和细胞异质性至关重要.
- 现有的多式单细胞测试在吞吐量和多重复合能力方面存在局限性.
研究的目的:
- 引入一种可扩展和具有成本效益的测定方法,SUM-seq,用于同时分析单个核中的染色质可访问性和基因表达.
- 为了实现高吞吐量,多重复的多原子单细胞库的准备.
主要方法:
- SUM-seq将可访问的DNA和mRNA的现场条形编码与基于滴滴的微流体学相结合.
- 该试验允许样本复合和多核滴的分辨率.
- 从同一个细胞同时分析染色质可访问性和基因表达.
主要成果:
- 与现有方法相比,SUM-seq提供了显著增加的吞吐量和多重传输能力.
- 该测试使得样品和核可以在大型项目,时间过程实验和扰动屏幕中进行实质性扩展.
- 与大规模的多原子单细胞分析相关的成本降低.
结论:
- SUM-seq为多原子单细胞分析提供了强大且可扩展的解决方案.
- 该试验有助于成本效益高,高通量细胞异质性和监管景观的表征.
- 为支持其实施,提供了实验设计,样品处理和数据处理的指导方针.


