CBPDdb:一个精心策划的库玛林 - 佐 - 佐衍生化合物的数据库
Shailima Rampogu1, Mohammed Rafi Shaik2, Merajuddin Khan2
1Cachet Big Data Lab, Hyderabad, Telangana 500045, India.
使用R-shiny开发了一个新的Web服务器CBPDdb,用于托管氨酸,氨酸和pyrazole衍生物的小分子数据. 该工具帮助研究人员选潜在的疾病抑制剂,通过提供获取精选的化合物信息和描述符.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 化学信息学 化学信息学
- 药物发现 药物发现
背景情况:
- 小分子在药物发现中至关重要.
- 需要有效的数据库来管理和分析小分子数据.
- 现有的工具可能缺乏针对策划的复合库的特定功能.
研究的目的:
- 开发一个用户友好的Web服务器 (CBPDdb) 来访问和分析精选的小分子数据.
- 为了促进对各种疾病的潜在抑制剂的查.
- 提供一个灵活的平台,可适应创建其他小分子数据库.
主要方法:
- 使用R-shiny构建CBPDdb网络服务器.
- 从文献中获得的库马林,本佐提亚和皮拉衍生物的精选数据.
- 雇佣了ChemDraw和发现工作室可视化器用于2D结构生成 (.sdf文件).
- 在R-shiny应用程序中使用ChemmineR和dplyr处理的化合物数据.
- 集成的JSME 2D草图器和propOB用于描述器计算和过.
主要成果:
- 创建了一个包含1146个小分子的综合数据框架.
- 使用户能够以.csv和.sdf格式下载过的数据.
- 允许在 .sdf 格式下载整个复合数据集.
- 在https://srampogu.shinyapps.io/CBPDdb_Revised/提供了一个功能性的Web服务器.
结论:
- 实际上,CBPDdb网络服务器提供了对氨酸,氨酸和醇衍生物的精选小分子数据的访问.
- 开发的方法可以扩展到创建各种小分子数据库.
- 对于参与早期药物发现和抑制剂查的研究人员来说,CBPDdb是一个宝贵的资源.
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