使用MAESTER的单细胞RNA测序进行线粒体变异丰富的协议
Jonathan D Good1, Ksenia R Safina1, Tyler E Miller2
1Division of Hematology, Brigham and Women's Hospital, Boston, MA, USA; Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA; Department of Medicine, Harvard Medical School, Boston, MA, USA; Ludwig Center at Harvard, Harvard Medical School, Boston, MA, USA.
STAR protocols
|January 16, 2025
概括
这项研究引入了一种新方法,将单细胞RNA测序与线粒体DNA分析相结合,同时揭示细胞状态和组织克隆结构. 这种方法为细胞动态和组织组织提供了更深入的见解.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 提供高分辨率的细胞状态信息.
- 目前的scRNA-seq方法往往无法捕获组织的克隆结构.
- 了解克隆结构对于组织发育和疾病进展至关重要.
研究的目的:
- 开发一种用于同时分析细胞状态和克隆信息的协议.
- 整合线粒体DNA (mtDNA) 变异分析与scRNA-seq.
- 为了使细胞状态和原始人体组织中的克隆动力学能够同时探测.
主要方法:
- 从3'-条形编码的全长cDNA中丰富线粒体DNA (mtDNA) 变体的协议开发.
- 图书馆准备,mtDNA丰富,PCR清理和对结尾测序的详细步骤.
- 计算分析包括maegatk,变量调用和数据集成.
主要成果:
- 从原始人体组织中成功整合了细胞状态和克隆信息.
- 展示了一种协议,同时评估细胞异质性和组织系谱.
- 通过结合scRNA-seq和mtDNA变异分析来照明细胞状态和克隆动态.
结论:
- 本方案有效地结合了细胞状态和克隆信息.
- 这种方法增强了细胞异质性和组织架构的表征.
- 该方法为复杂组织中的细胞状态和克隆动态提供了新的见解.


