基于转录基因组的综合性药物在结核病中重新利用.

科学领域:

• 计算生物学是一种计算生物学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 药理学 药理学是指药理学的学科.

背景情况:

• 结核病 (TB) 是主要的传染病死亡原因,抗生素耐药性增加需要新的治疗策略.
• 调节宿主免疫力的宿主导疗法 (HDT) 是至关重要的,特别是通过重新利用现有的药物.
• 基于转录基因组的药物发现在其他疾病中取得了成功,但由于数据异质性和方法不确定性,在结核病等细菌感染中面临挑战.

研究的目的:

• 开发和应用一个整合性的计算工作流程,以系统地识别FDA批准的药物作为潜在的结核病HTT.
• 通过整合多种评分方法和共识签名构建,克服针对细菌感染的基于转录组的分析挑战.
• 发现新的候选药物和结核病的潜在治疗点.

主要方法:

• 开发了一个整合性的计算工作流程,结合了六种连接得分方法.
• 从21个TB基因表达数据集 (微阵列和RNA-seq) 构建加权共识疾病特征.
• 应用框架系统地识别FDA批准的药物,可以逆转结核病相关的基因表达模式.

主要成果:

• 优先考虑140种高可信度候选药物,包括已知的HDT如他类药物和维生素D受体激动剂.
• 确定了新的有前途的候选药物,如尼克洛萨米德和他莫西芬,最近经过实验验证.
• 揭示了胆固醇代谢抑制和免疫调节途径的丰富性,并确定了10个关键的桥梁基因作为潜在的药物标.

结论:

• 建立了基于转录组的连接映射,作为一种可行的方法,用于在细菌感染中系统地发现HDT.
• 提供了一个强大的计算框架,适用于其他传染病.
• 产生了对候选药物的实验验证和对结核病中确定的点的机制性研究的直接机会.