测量蛋白质稳定性的数据独立获取 (DIA) 策略,使用氧化率 (SPROX) 来测量蛋白质稳定性

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物化学 生物化学
• 质谱测量质量谱测量

背景情况:

• 蛋白质的稳定性来自氧化速率 (SPROX技术) 测量蛋白质折叠的稳定性.
• 目前的SPROX方法主要使用量化自下而上的蛋白质组学与数据依赖获取 (DDA) 和同体质量标签.
• 与数据独立获取 (DIA) 相比,异构标签可以实现多重复合,但限制了蛋白质覆盖范围.

研究的目的:

• 开发一种新的"一子"SPROX工作流程,利用DIA和无标签量化.
• 评估新的DIA-SPROX战略的蛋白质覆盖范围和准确性.
• 为了确定蛋白质稳定性和标蛋白质的联结体诱导的变化,使用环素A (CsA) 作为模型联结体.

主要方法:

• 使用DIA读数和无标签量化建立了一个"一子"SPROX工作流.
• 分析了来自大肠杆菌细胞解质的蛋白质,以计算过渡中点.
• 来自*S. cerevisiae*细胞溶解物的蛋白质被评估为CsA诱导的过渡中点变化.
• 数据处理是使用 Spectronaut 和 DIA-NN 软件进行的,用于 DIA 数据分析.

主要成果:

• 在DIA-SPROX策略中,准确计算了大肠杆菌蛋白的过渡中点.
• 在*S. cerevisiae*中确定了已知的CsA蛋白标,错误阳性率低.
• 用DIA-SPROX的蛋白质覆盖率与传统的DDA-SPROX相比.
• 在没有分成策略的情况下实现了可比覆盖范围.

结论:

• 开发的DIA-SPROX工作流提供了一个强大的替代方法,以DDA为基础的蛋白质稳定性测量方法.
• 这种方法扩大了SPROX对DIA策略的适用性,可能增加蛋白质组覆盖范围.
• 该方法成功识别了CsA标,证明了其在配体-标相互作用研究中的有用性.