基于长期读取的测序平台的单细胞RNA-seq分析性能的系统评估
Enze Deng1, Qingmei Shen2, Jingna Zhang3
1MOE Key Laboratory of Gene Function and Regulation, Guangdong Province Key Laboratory of Pharmaceutical Functional Genes, State Key Laboratory of Biocontrol, School of Life Sciences, Sun Yat-sen University, Guangzhou 510275, China; Guangzhou National Laboratory, No. 9 XingDaoHuanBei Road, Guangzhou International Bio Island, Guangzhou 510005, Guangdong Province, China.
Journal of advanced research
|May 23, 2024
概括
像PacBio和牛津纳米孔技术 (ONT) 这样的第三代测序 (TGS) 技术使单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 能够分析基因拼接并识别新型异型. 在转录识别和异位基因特定表达分析方面,PacBio表现出比ONT更高的准确性.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基于下一代测序 (NGS) 的单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 在基因表达量化方面表现出色,但受到短读长度的限制,阻碍了转录结构 (异形) 分析.
- 第三代测序 (TGS) 技术,如牛津纳米孔技术 (ONT) 和太平洋生物科学 (PacBio),提供长读长,能够测序完整的cDNA分子.
研究的目的:
- 系统地评估ONT和PacBio TGS平台在单细胞RNA测序应用中的性能.
- 为了比较基于TGS的scrRNA-seq与基于NGS的传统scrRNA-seq的功能,以进行全面的转录组分析.
主要方法:
- 从相同的单细胞cDNA库中生成ONT和PacBio测序数据,具有不同的细胞输入.
- 使用下一代测序 (NGS) 作为性能评估的控制.
主要成果:
- 与NGS相比,评估了ONT和PacBio平台在细胞类型识别方面的表现.
- 验证了两种TGS平台在识别新型异构体和等位基因特异性基因/异构体表达方面的可靠性.
- 为单细胞转录组研究的测序策略设计提供了系统评估指南.
结论:
- 基于TGS的scRNA-seq超越了基因表达分析,包括基因剪接和新型异型鉴定,超越了NGS的限制.
- 太平洋生物科学 (PacBio) 呈现出更高的测序质量,在新型转录识别和基因特异性基因/异形表达分析的准确性方面超过了牛津纳米孔技术 (ONT).


